Как сообщается на сайте ФТС, с августа 2011 года Елена Ягодкина занимала должность первого замначальника главного управления федеральных таможенных доходов и тарифного регулирования ФТР, с января 2018 года — возглавила управление.

13 сентября 2019 года Ягодкина была назначена заместителем руководителя ФТС. Работает в таможенных органах с 1997 года. Генерал-полковник таможенной службы. Награждена медалью ордена «За заслуги перед отечеством» II степени.