Уголовное дело о мошенничестве в особо крупном размере в структурах Минэнерго возбудили еще 10 марта. В его основу легли материалы службы экономической безопасности (СЭБ) ФСБ. Изначально расследование велось в отношении группы неустановленных руководителей министерства и входящих в него структур. Следователь Бакун вынес постановления о проведении неотложных следственных действий в квартирах и домах бывшего главы ФГБУ РЭА Анатолия Тихонова, в прошлом году назначенного замминистра энергетики, замглавы агентства Игоря Кожуховского, по некоторым данным недавно ушедшего в отставку, а также еще целого ряда сотрудников министерства и руководителей коммерческих структур, участвовавших в проектах Минэнерго. По некоторым данным, поступила информация, что фигуранты пытаются договориться между собой или даже скрыться от следствия. Среди адресов, где проходили обыски, оказались кабинет и квартира замминистра Тихонова, в которых изъятию подлежали компьютеры, телефоны, электронные носители информации, документы и блокноты, содержащие информацию «о противоправной деятельности». Анатолий Тихонов был доставлен в центральное здание СКР, где следственные действия с его участием продолжались до позднего вечера.
Официально в СКР от комментариев воздержались. Однако целый ряд источников ведущих информационных агентств подтвердили, что замминистра был задержан.  
По данным следствия, хищения были совершены в рамках утвержденной еще в 2014 году госпрограммы «Энергоэффективность и развитие энергетики» на 2013–2015 годы, предусматривающей финансирование мероприятий по разработке ГИС ТЭК, порученной ФГБУ РЭА. На финансирование этой деятельности агентство получило из министерства субсидии на общую сумму 968 млн руб., часть из которых и была впоследствии, по версии ГСУ СКР и ФСБ, похищена.
С главой Минэнерго Александром Новаком Анатолия Тихонова связывают давние дружеские отношения. Анатолий Тихонов начинал свою карьеру в госструктурах в 1999 году с поста замглавы комитета финансов администрации Санкт-Петербурга, где проработал до 2003 года. Далее до 2008 года господин Тихонов работал в администрации Красноярского края, где в том числе занимал должности замгубернатора и замглавы правительства региона. В тот же период в администрации и правительстве края работал и Александр Новак. До 2014 года Анатолий Тихонов занимал должность первого зампреда ВЭБа, а затем возглавил РЭА.
Задержание замминистра энергетики России Анатолия Тихонова активно обсуждают в Челябинской области, где пост губернатора занимает выходец из Минэнерго РФ Алексей Текслер. Именно Тихонов сменил Текслера на посту замминистра, когда тот отправился в качестве врио губернатора на Южный Урал. В Челябинскую область эта новость пришла с двумя диаметрально противоположными оценками. 
С одной стороны, уголовное дело в отношении замминистра бросает тень на всех, кто так или иначе был связан с ним.
«В настоящее время изучаются материалы за период с 2013 по 2019 год, в них также ранее фигурировал бывший первый заместитель министра энергетики и нынешний губернатор Челябинской области Алексей Текслер, но после «внушения» силовикам из АП его фамилия исчезла из материалов проверки, – пишет телеграм-канал «Кремлевский безбашенник». – Другой источник из Минэнерго сообщает, что фамилия Тихонова попала в поле зрения правоохранителей в связи с вопросами, которые появились к компании «Ланит» – одной из ведущих IT-компаний, которая в последние 10 лет подозрительно регулярно выигрывает тендеры на разработку государственных электронных платформ (в том числе – для Минэнерго)».
«Замминистра энергетики Анатолий Тихонов, который был задержан СКР и ФСБ, и его приятель губернатор Челябинской области Алексей Текслер (бывший замминистра энергетики) вместе пользовались услугами кипрской компании Neocleus Trust Company LTD, которая занимается финансовым и юридическим консалтингом в сфере управления активами, выведенными из других стран. Именно на Кипре и стоит искать следы похищенных бюджетных средств», – сообщает близкий к силовикам телеграм-канал «ВЧК-ОГПУ».
В пресс-службе губернатора Челябинской области от комментирования по ситуации с уголовным делом воздержались. Алексей Текслер не слишком охотно делится своим видением истории с задержанием Тихонова. При этом в его окружении называют «полной ерундой» информацию отдельных телеграм-каналов о том, что они с Текслером приятели и якобы имели какие-то связи с офшорами.
Практически у всех губернаторов Челябинской области были черные пятна на репутации. Так, за Борисом Дубровским тянется шлейф мирового офшорного скандала: в материалах «Панамского досье» обнаружились юридические лица, связанные с бизнесом экс-губернатора. Вокруг Михаила Юревича постоянно возникали скандалы, связанные с уголовными делами в отношении его подчиненных, одним из первых и масштабных стало дело против экс-министра здравоохранения Виталия Тесленко, который вместе с рядом других чиновников был осужден за откаты при покупке аппаратов КТ. Впоследствии показания самого Тесленко легли в основу уголовного дела против Михаила Юрьевича.